Dalam beberapa tahun terakhir, terjadi peningkatan masalah kemanusiaan di Indonesia, baik yang diakibatkan oleh bencana alam, konflik antar etnis ataupun disebab-sebab lainnya. Belum lagi masalah kesehatan yang semakin terabaikan karena ketidakmampuan masyarakat untuk membeli produk kesehatan yang ada.
Ketidakmampuan tersebut merupakan akibat langsung dari turunnya kualitas ekonomi yang dimiliki masyarakat saat ini. Semua hal tersebut akan membuat masyarakat semakin tidak peduli dengan standar kesehatan selama ini. Pada saat yang sama, di tengah Masyarakat banyak tumbuh lembaga-lembaga sosial kemanusiaan yang mencoba mengatasi permasalahan yang ada. Sementara dilain pihak bermunculan pula Lembaga donatur yang bersedia membiayai kegiatan-kegiatan sosial. Bulan Sabit Merah Indonesia lahir sebagai lembaga kemanusiaan yang tidak terkooptasi oleh kepentingan individu dan lembaga.
BSMI lahir dari proses evaluasi diri yang panjang terhadap masalah kemanusiaan, muncul dari perenungan mendalam menghadapi tugas-tugas Panjang kemanusiaan yang mengacu pada prinsip kemanusiaan yang universal dalam ajaran Islam, berkontribusi dalam menangani masalah-masalah kemanusiaan, menghormati hak kehidupan, menjunjung tinggi nilai-nilai kemanusiaan dan mempromosikan kerjasama persahabatan yang saling menguntungkan diantara manusia.
BSMI sebagai organisasi kemanusiaan yang bersifat independen dalam memberikan dukungan dan pertolongan kepada yang membutuhkan tanpa memandang RAS, kelas, negara, dan aspirasi politik.
Alhamdulillah, pada Sabtu, 8 Juni 2002 bertepatan pada 27 Rabiul Awwal 1423 H, telah lahir lembaga kemanusiaan dan sosial dibidang kesehatan bernama Yayasan Bulan Sabit Merah Indonesia yang dideklarasikan di Masjid Al-Azhar Jakarta, dan dihadiri oleh Ketua Majelis Ulama Indonesia (MUI), tokoh masyarakat, organisasi Islam, lembaga kemanusiaan, Lembaga Amil Zakat (LAZ), mahasiswa dan pelajar.
Pada tanggal 11 November 2007, BSMI mengalami perubahan bentuk organisasi
yaitu perhimpunan